Mapa topográfico Área de Protección de Flora y Fauna Cañón de Santa Elena
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El área de protección se encuentra dentro del ecosistema conocido como desierto Chihuahuense, en el cual se destacan una serie de cadenas montañosas separadas por valles y planicies onduladas, de origen cálcico y volcánico. Tiene gran diversidad de tipos de vegetación debido a la gran diferencia altitudinal que existe, desde los setecientos hasta los dos mil cuatrocientos metros sobre el nivel del mar.